皇姑寺明代初稱黃村寺，天順年間改稱順天保明寺，在明代是太后娘娘的香火院，在清代是康熙皇帝的行宮，這座寺廟最大的特點是跟明清皇家有很大的關(guān)系。
皇姑寺明末清初，皇姑寺毀于大火，康熙皇帝頒旨由朝廷出資重建。康熙五十年（1711），保明寺舊基重建，康熙五十八年（1719） 落成， 易名“敕建顯應(yīng)寺”。
  皇姑寺在明代初稱黃村寺，天順年間改稱順天保明寺，民間根據(jù)呂尼救英宗的傳說，俗稱皇姑寺。皇姑寺遺存兩口明代銅鐘，均收藏于大鐘寺博物館。一口是黃村寺鐘，原鑄于“大明天順六年(1462)”,原置“黃村寺大悲觀世音殿”,“大明嘉靖十二年（1533）三月二十一日奉懿旨重造”, 重要捐資人是“昭圣康惠慈壽皇太后”、“章圣慈仁皇太后”、昌國公張鶴齡、建昌侯張延齡以及司禮監(jiān)、內(nèi)官監(jiān)、御馬監(jiān)眾太監(jiān)等。“昭圣康惠慈壽皇太后”為明孝宗皇后、武宗的生母、世宗的伯母，武宗時尊為“慈壽皇太后”，世宗入繼稱圣母, 嘉靖三年（1524）上“昭圣康惠慈壽”尊號。昌國公張鶴齡、建昌侯張延齡是昭圣康惠慈壽皇太后的兩個同胞兄弟。“ 章圣慈仁皇太后”是世宗親生母親，尊為圣母。這口鐘翻鑄時間正好處于嘉靖皇帝佞道毀佛之際，《萬歷野獲編》中非常詳細(xì)地記載了毀皇姑寺始末，嘉靖皇帝認(rèn)為皇姑寺名稱不好，主張毀掉，兩位皇太后出面極力攔阻，礙于皇伯母的情面和母后的威儀，嘉靖只好隱忍作罷，皇姑寺得以幸存。兩位皇太后下懿旨翻鑄黃村寺銅鐘，明確向世人宣告皇姑寺是太后娘娘的香火院，誰也別想毀掉它，皇帝也不例外。另一口為保明寺鐘，鑄于明隆慶六年(1572)，領(lǐng)銜者為“慈圣皇太后李氏”。“慈圣皇太后李氏”是明神宗生母, 十分崇信佛教, 多次出資修建寺廟，如慈壽寺、慈恩寺、萬壽寺、拈花寺、長椿寺等廟宇皆與其有關(guān)。《明史》上說她“顧好佛, 京師內(nèi)外多置梵剎, 動費巨萬, 帝亦助施無算”, 尊為“九蓮菩薩”，號召力極大，她一倡議鑄鐘，王公大臣紛紛解囊，鐘銘文中的重要歷史人物還有太師成國公朱希忠、太師定國公徐光祚、錦衣衛(wèi)左都督朱希孝及司禮監(jiān)掌印太監(jiān)馮保等，捐資者多達1300 余人。

皇姑寺曾一度作為康熙皇帝的行宮，在《日下舊聞考》卷86 乾隆《御制靜宜園記》中有所披露：“昔我皇祖于西山名勝古剎，無不曠覽。游觀興至，則吟賞托懷，草木為
之含輝，巖谷為之增色。恐仆役侍從之臣或有所勞也，率建行宮數(shù)宇于佛殿側(cè)，無丹之飾，質(zhì)明而往，信宿而歸，牧圉不煩，如岫云、皇姑、香山者皆是……于是乎就皇祖之行宮，式葺式營，肯堂肯構(gòu)，樸簡是崇，志則先也，動靜有養(yǎng)，體智仁也。”可見岫云（今潭柘寺）、皇姑、香山諸寺都是康熙皇帝的行宮。康熙皇帝熱衷微服私訪，又酷愛西山風(fēng)景，皇姑寺毗鄰京西古道，從他重建皇姑寺、御制碑文、改名賜額及各殿對聯(lián)等跡象看，他極有可能經(jīng)常來西山游玩，并在皇姑寺、八大處等行宮中夜宿過。斗轉(zhuǎn)星移，歲月滄桑，皇姑寺門額、殿額、殿聯(lián)等實物不復(fù)存在，有的幸存拓片，現(xiàn)寺院內(nèi)兩通龜趺螭首的康熙御制碑保存完好，且滿漢文對照，矗立在老祖殿前面，向人們訴說著那一段鮮為人知的歷史。

康熙皇帝御制《顯應(yīng)寺碑記》，以紀(jì)其事，寺額、殿聯(lián)等多為康熙御筆。《日下舊聞考》卷97 載：“觀音殿內(nèi)懸圣祖御書額曰‘ 水心柏子’， 聯(lián)曰：‘ 片石孤云窺色相，清池皓月照禪心’；老祖殿額曰：‘林泉花雨’，聯(lián)曰：‘月在上方諸品靜，心持半偈萬緣空’；寺后閣額曰：‘掛衲翻經(jīng)’，寺門額曰：‘敕建顯應(yīng)寺’，又天王殿亦有‘顯應(yīng)寺’三字額，皆圣祖御書。”這些記載足以說明康熙皇帝對皇姑寺非常重視。