十三經(jīng)碑林珍藏有十三經(jīng)刻石孔廟的十三經(jīng)刻石共有189座，原存放于國子監(jiān)東西六堂，1956年修繕國子監(jiān)時(shí)移至孔廟與國子監(jiān)之間的夾道內(nèi)。十三經(jīng)是研究儒學(xué)的珍貴史料。我國雖有“熹平石經(jīng)”、“開成石經(jīng)”，但都有不同缺陷，唯乾隆石經(jīng)有獨(dú)特之處，所以“十三經(jīng)刻石”又叫“乾隆石經(jīng)”。

十三經(jīng)碑林里的十三經(jīng)刻石是儒家的13部經(jīng)典著作。即《周易》、《尚書》、《詩經(jīng)》、《周禮》、《儀禮》、《禮記》、《左傳》、《公羊傳》、《谷梁傳》、《論語》、《爾雅》、《孝經(jīng)》、《孟子》。
   
十三經(jīng)刻石是蔣衡篆刻的。他是清雍正年間江蘇金壇恩貢生，游歷長安時(shí)，見“開成石經(jīng)”眾手雜書，紊亂不堪，深以為憾，決心自書一部十三經(jīng)。于是，從雍正四年（1726年）至乾隆二年（1737年），歷時(shí)12年，完成了這部63萬字的經(jīng)文手書，字體工整，一絲不茍。乾隆五年（1740年）江南河道總督高斌將蔣衡手稿轉(zhuǎn)獻(xiàn)朝廷，收藏于大成懋勤殿。乾隆五十六年（1791年）欽命和珅、王杰為總裁，彭元瑞、劉墉為副裁，負(fù)責(zé)考訂蔣書經(jīng)文，并動(dòng)工刻石。彭、劉以宋、元善本十三經(jīng)校訂蔣衡手稿，并把俗題字改為古體字，同時(shí)考證經(jīng)文異同。
    乾隆五十九年（1794年）,碑刻成，立于太學(xué)。同時(shí)以墨拓本頒行各省。彭因功受賞太子太保銜。和珅為此嫉恨，命人一夜挖去碑上經(jīng)彭改過的古體字。嘉慶八年（1803年）和珅被貶，嘉慶帝又命學(xué)者紀(jì)曉嵐、董誥等人重新校訂并補(bǔ)齊被和珅挖去的字，至此“乾隆石經(jīng)”得以還本來面目。
     與“十三經(jīng)刻石”同處在一起的還有從國子監(jiān)彝倫堂移來的清康熙帝御筆《大學(xué)碑》。《大學(xué)》選自《禮記》一書，內(nèi)容講修身、齊家、治國平天下之道理。康熙書法功底深厚，氣勢磅礴。除此之外，北京孔廟尚有清乾隆登基60年（1795年）時(shí)鐫刻的《御制說經(jīng)文》碑13座，《御制石刻蔣衡書十三經(jīng)于辟雍序》滿、漢文碑各1座。